۱۲ سال پیش از شروع داستان، موجودی شرور و افسانه‌ای به نام کیوبی (روباهی غول پیکر با ۹ دم) به کونوها حمله میکند. چهارمین هوکاگه با استفاده از یک طلسم و قربانی کردن خود موفق می‌شود کیوبی را داخل بدن ناروتوی تازه به‌دنیا آمده زندانی کند که در این راستا اتفاقات زیادی رخ می دهد...